Jego brak afiliacji uniwersyteckiej, skrajnie indywidualistyczne i antypaństwowe poglądy powodowały początkowo trudności wydawnicze. Wiele swoich prac wydał pod pseudonimem. Odrzucał też przyznawane mu odznaczenia i ordery, którymi pod koniec życia odznaczały go głowy państw. W 1902 nominowano go do literackiej Nagrody Nobla.
Po śmierci jego ciało poddano kremacji, a prochy złożono w północnym Londynie na Highgate Cemetery.
Myśl Zakres zainteresowań Spencera był bardzo szeroki – od nauk przyrodniczych, przez społeczne, filozofię, literaturę aż do aktualnych wydarzeń społecznych i politycznych. Jego rozbudowywany przez lata system filozoficzny, którego zasadniczą częścią był dziesięciotomowy Systemat filozofii syntetycznej miał zbierać i porządkować całość wiedzy naukowej i filozoficznej.
Spencer był pod koniec XIX w najbardziej znanym i popularnym myślicielem polityczno-społecznym. Jego popularność była szczególnie duża w Stanach Zjednoczonych. Popularność utracił na początku XX w.