Przed wejściem do jaskini znaleziono fragment wióra z kwarcystycznego piaskowca, co może być dowodem na czasowy pobyt w jaskini jakiejś kultury ludzkiej z końca plejstocenu lub początku holocenu.
Historia Po raz pierwszy jaskinię opisał żywiecki wójt Andrzej Komoniecki w swojej kronice Dziejopis Żywiecki w 1704 roku: W Ślemieńskim zaś Państwie w Pośrednim Groniu w Hali Siwcowej nad wsią Lasem jest skała wielka, co przed nią wierzchem woda idzie, a pod nią dziura jest, w którą może sto statku wegnać i w niej tam sposobnie stanąć; będąc w skale obszerno, jak jaskinia jaka z natury uczyniona.
Opis Komonieckiego wskazuje, że do jaskini można było „sto statku wegnać” – czyli stado zwierząt hodowlanych. Istnieje przekaz, że jaskinia służyła temu celowi w czasie II wojny światowej. Wtedy gospodarze z pobliskiego Targoszowa ukrywali w niej konie przed okupantem, w styczniu 1945 r. podobno ukryto w niej 50 koni. Grota służyła również jako schronienie dla partyzantów.
Dla turystyki została odkryta w maju 1983 roku przez Aleksego Siemionowa, działacza Komisji Turystyki Górskiej Oddziału PTTK w Wadowicach, który w monografii „Ziemi Wadowickiej” po raz pierwszy użył nazwy „Jaskinia Komonieckiego”.