Ważnym obszarem działalności Centralnego Zarządu Wodnych Melioracji było gospodarowanie środkami finansowymi przeznaczonymi na rozwój melioracji. Zarząd opracowywał plany finansowe, rozdzielał środki budżetowe pomiędzy jednostki terenowe oraz kontrolował ich wykorzystanie. Nadzorował również zaopatrzenie inwestycji w materiały budowlane, sprzęt techniczny oraz środki transportu niezbędne do prowadzenia robót melioracyjnychEugeniusz Gorzelak, Polityka agrarna PRL, Warszawa, PWN 1980, s. 21-32..
Centralny Zarząd odpowiadał także za organizację wykonawstwa robót melioracyjnych. Koordynował działalność przedsiębiorstw i jednostek wykonawczych, ustalał harmonogramy realizacji inwestycji oraz podejmował działania mające na celu zwiększenie wydajności i jakości prowadzonych prac. Szczególną uwagę poświęcano odbudowie zniszczonych w czasie wojny urządzeń melioracyjnych oraz realizacji nowych inwestycji służących zwiększeniu produkcyjności rolnictwa.