Zarząd opracowywał wieloletnie i roczne programy inwestycji melioracyjnych, ustalał kierunki rozwoju urządzeń melioracyjnych oraz określał priorytety realizacji robót na terenach wymagających poprawy stosunków wodnych.
Do kompetencji Centralnego Zarządu należało również sprawowanie nadzoru nad działalnością terenowych jednostek administracji melioracyjnej oraz kontrola prawidłowości wykonywania inwestycji. Zarząd czuwał nad przestrzeganiem obowiązujących norm technicznych, zatwierdzał dokumentację projektową ważniejszych przedsięwzięć oraz oceniał efektywność prowadzonych robót. Istotnym elementem jego działalności było także zapewnienie jednolitych zasad projektowania, budowy i eksploatacji urządzeń melioracyjnych na terenie całego krajuFranciszek Kolbusz (red.), Rolnictwo w trzydziestoleciu Polski Ludowej, PWRiL, Warszawa 1974, s. 45-61..