Z tego powodu za najważniejsze narzędzie nauki Bacon uznał eksperyment.
Empiryzm Bacona Bacon rozwinął metodologię empiryzmu. Zamierzał stworzyć taką metodę, która pozwoli odkryć stałe właściwości rzeczy. Poświęcił temu Novum Organum (1620)Tytuł dzieła nawiązywał do Organonu Arystotelesa., mające w założeniu być tomem wielkiej pracy reformującej całokształt nauki Instauratio Magna (nie dokończonej).
Bacon za wyjątkowo bezużyteczne narzędzie nauki uznał sylogizm. Zdaniem Bacona trzeba operować doświadczeniem, a nie założeniami. Metodzie sylogizmu Bacon przeciwstawia indukcję – stopniowe uogólnianie wiedzy, zamiast natychmiastowego układania ogólnych twierdzeń na podstawie danych zmysłowych. Właśnie dlatego Bacon twierdził, że „umysłowi ludzkiemu nie trzeba skrzydeł, lecz ołowiu”.
Bacon nie negował znaczenia rozumu w poznaniu. Rozum i zmysły muszą ze sobą współpracować. Taka współpraca daje pewność wiedzy.
Teoria złudzeń Bacon uważał, że umysł ludzki jest podległy różnego rodzaju złudzeniom (łac. idola z gr. eídōlon 'widmo; obraz')Słownik Wyrazów Obcych : idol zdr. od eidos 'wygląd; kształt, forma;