Ponowne uruchomienie statku i dostosowanie do roli jednostki ewakuacyjnej wymagało sporego nakładu pracy.
Zatopienie thumb|MS „Wilhelm Gustloff” w Szczecinie jako okręt szpitalny, 1939 thumb|upright|Ranni żołnierze niemieccy wracają do ojczyzny, Kilonia, lipiec 1940 W swój ostatni rejs jednostka wyruszyła z Gdyni 30 stycznia 1945 roku pod eskortą torpedowca „Löwe”. Na pokładzie „Gustloffa” znalazło się 173 członków załogi, 918 oficerów i marynarzy z II dywizji szkolnej okrętów podwodnych (2. U-Boot Lehr Division)C. Prince, Death in the Baltic, s. 119., którzy mieli obsadzić bądź uzupełnić załogi U-BootówE. Kosiarz, Druga Wojna Światowa na Bałtyku, s. 613–614., 373 kobiety z pomocniczego korpusu Kriegsmarine, które były wojskowymi telefonistkami, telegrafistkami, maszynistkami, kreślarkami czy pielęgniarkami, 162 rannych żołnierzy Wehrmachtu oraz 4424 cywilów uciekających z zajmowanych przez wojska radzieckie terenów. Na okręcie wśród cywilów znajdowali się także funkcjonariusze organizacji Todta, junkrzy, policjanci, gestapowcy, działacze NSDAP i rodziny urzędników hitlerowskichE. Kosiarz, Druga Wojna Światowa na Bałtyku, s. 614.. Łącznie, według najnowszych ocen, na okręcie znalazło się co najmniej 10 tys. osób, co potwierdza depesza nadana z jednostki.