Wyrok odbywał w więzieniach w Krakowie, Nowym Wiśniczu, Ośrodku Pracy Więźniów w Dębie oraz Jaworzanie i w Rzeszowie.
W 1952 w związku z ogłoszoną amnestią, funkcjonariusze Sekcji V Wydziału WUBP w Krakowie, podjęli nieudaną próbę werbunku ks. Jana Wójcika w charakterze tajnego współpracownika.
W trakcie osadzenia, władze więzienne sformułowały o nim negatywną opinię, podkreślając jego wrogi stosunek do władzy ludowej oraz negatywny stosunek do ustroju Polski Ludowej, szkodliwy wpływ religijny na współwięźniów i brak skruchy. W lutym 1953 Sąd Powiatowy dla Miasta Krakowa złagodził wyrok ks. Jana Wójcika do 5 lat i 4 miesięcy. Już wcześniej, ks. Jan Wójcik, ze względu na pogarszający się stan zdrowia, składał prośby o warunkowe zwolnienie z przyczyn zdrowotnych, pierwszą w lutym 1952 i drugą w sierpniu 1953. Zdaniem ks. Krzysztofa Talarka, biografa ks. Jana Wójcika, dopiero 2 stycznia 1954 udzielono mu przerwy w odbywaniu kary, ze względów zdrowotnych (wyrok ks. Jana Wójcika miał zakończyć się 20 lutego 1954 po złagodzeniu kary na mocy amnestii) o czym jednak nie ma wzmianki w aktach sprawy sądowej.
Po zwolnieniu z więzienia, ks. Jan Wójcik zamieszkał u rodziny w Bielawach. Zmarł 22 stycznia 1954 w 20 dni po opuszczeniu więzienia. Został pochowany w rodzinnym grobowcu na cmentarzu w Pilźnie.