Aresztowanie 19 października 1948 został aresztowany przez funkcjonariuszy urzędu bezpieczeństwa za rzekome nadużycia w Spółdzielni w Grywałdzie. 20 października został poddany śledztwu przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa w Krakowie i przyznał się do udzielania pomocy materialnej „bandzie Ognia” (oddział Józefa Kurasia pseud. „Ogień”). Faktyczny charakter kontaktów ks. Jana Wójcika z żołnierzami Zgrupowania Partyzanckiego „Błyskawica”, pozostaje nieznanyFunkcjonariusze krakowskiego UB, w dzienniku archiwalnym byłego WUBP, przy adnotacji odnoszącej się do akt ks. Wójcika, zapisali „czł[onek] nieleg[alnej] org[anizacji]”, a w toku śledztwa, ostatecznie zdecydowano się na przypisanie duchownemu udziału wyłącznie w „aferze finansowej”. W konsekwencji śledztwa, został oskarżony o niedopełnienie obowiązków przez zaniechanie prowadzenia bądź prowadzenie w nieprawidłowy sposób ksiąg rachunkowych spółdzielni oraz przywłaszczenie ponad 200 tys. zł na jej szkodę. Ks. Jan Wójcik nie przyznał się do stawianych mu zarzutów i złożył wyczerpujące wyjaśnienia. 9 marca 1949 został skazany wyrokiem Sądu Okręgowego w Krakowie na 9 lat więzienia i 5 lat utraty praw obywatelskich.