25 marca 1591 Siegfried Sack wygłosił tu pierwsze protestanckie kazanie. W 1597 roku zmarł ostatni katolicki prepozyt, a pozostali katoliccy mnisi opuścili klasztor 4 kwietnia 1601. W 1626 roku , opat klasztoru na Strahowie, udał się do Magdeburga, obleganego przez wojska Albrechta von Wallensteina, by wynieść z klasztoru relikwie św. Norberta i przewieźć je do Pragi. W 1628 roku von Questenberg uzyskał zgodę od cesarza na reaktywację magdeburskiego klasztoru, który wkrótce zasiedliło trzech mnichów z Czech i sześciu z Niderlandów. Opuścili oni jednak placówkę w 1632 roku. W 1650 roku kompleks, należący wcześniej do archidiecezji, przeszedł w ręce elektora Brandenburgii Fryderyka Wilhelma I. Przez następne lata kościół służył luteranom. Pod koniec XVII wieku w kompleksie założono gimnazjum. W XVIII wieku świątynia pełniła funkcję kościoła garnizonowego.