Przed sądem stanowym nie przyznał się do stanowych zarzutów morderstwa i terroryzmu.
19 grudnia 2024 r. dokonano jego ekstradycji z aresztu w Pensylwanii do Nowego Jorku. Przedstawiono mu zarzuty federalne o morderstwo, stalking i przestępstwo związane z bronią palną. Za zarzuty federalne grozi mu kara śmierci, czego domaga się prokurator generalna Pam Bondi. Mangione nie przyznaje się także do zarzutów federalnych.
16 września 2025 r. sędzia stanowy oddalił dwa najcięższe zarzuty wobec Luigiego Mangione: o terroryzm i morderstwo pierwszego stopnia. Sędzia stwierdził, że brakuje dowodów, na to że podejrzany miał zamiar wywrzeć presję polityczną na rząd lub terroryzować społeczeństwo. Utrzymano w mocy zarzut morderstwa drugiego stopnia. Nadal ciążą nad nim federalne zarzuty morderstwa. 1 grudnia 2025 r. odbyło się przedprocesowe przesłuchanie oskarżonego, podczas którego obrona domagała się wykluczenia przedmiotów znalezionych w plecaku podczas aresztowania, argumentując, że przeszukanie przeprowadzono bez nakazu i podstawy prawnej. Nie wyznaczono jeszcze daty rozpoczęcia procesu.