Wiosną 1939 utworzono w ramach Flotylli Oddział Wydzielony na Prypeci.
Rzeczna Eskadra Lotnicza W latach 1928–1937 Flotylla miała siły lotnicze (składające się z łodzi latających Schreck FBA-17HMT2). Początkowo był to Rzeczny Pluton Lotniczy, później, rozbudowany stał się Rzeczną Eskadrą Lotniczą.
Personel Dowódcy flotylli por. mar. Jan Giedroyć – od 19 kwietnia 1919 do 16 marca 1920 mjr mar. Edward Sadowski – od 16 marca do 2 lipca 1920 ppłk mar. Jerzy Wołkowicki – od 2 lipca do 2 sierpnia 1920 kpt. por. mar. Marian Wolbek – od 2 marca 1922 do 22 października 1924 kmdr por. Władysław Blinstrub – od 23 października 1924 do 25 lutego 1927 kmdr Witold Zajączkowski – od 25 lutego 1927 do 6 października 1939
Zastępcy dowódcy flotylli kmdr ppor. Stanisław Hryniewiecki – od 3 kwietnia 1932 do 19 grudnia 1936 kmdr por. Henryk Eibel – od 19 grudnia 1936 do 6 października 1939
Oficerowie sztabowi artylerii Flotylli ppłk / płk art. Stefan Zielke (1936–1938) ppłk art. Włodzimierz Klewszczyński (1938–1939)
Dowódcy Oddziału Detaszowanego Flotylli Wiślanej na Prypeci kpt. mar. Bohdan Jarociński – od 11 października 1920 por. mar. Aleksander Mohuczy – 1920–1921 kmdr ppor. Edward Rozenbaum – 1921 do 13 stycznia 1922 kpt. por. mar.