W trakcie kontrofensywy bolszewickiej pod koniec maja część Flotylli Pińskiej została odcięta od głównych sił, w związku z czym załogi zatopiły okręty w dniu 13 czerwca 1920 roku. Ocalałe jednostki walczyły podczas odwrotu na wodach Prypeci, jednak część, z uwagi na niski stan wody, zatopiono w Pińsku i pod Koczanowiczami. Flotyllę rozwiązano 2 sierpnia 1920 z powodu zajęcia dorzecza Prypeci przez Armię Czerwoną i samozatopienia większości jednostek pływających.
Flotylla po traktacie ryskim mały|Okręty Flotylli na Pinie 11 października 1920 utworzono Oddział Detaszowany Flotylli Wiślanej na Prypeci, 2 marca 1922 przemianowany na Flotyllę Pińską. Po likwidacji 1 października 1925 Flotylli Wiślanej i przejęciu większości jej jednostek przez Flotyllę Pińską stała się ona jedyną flotyllą rzeczną w Polsce. Bazą główną flotylli był Pińsk, w którym cumowało ponad 100 jednostek bojowych i transportowych. Mieściła się w nim Komenda Portu Wojennego, koszary, schrony i hangary dla wodnosamolotów, warsztaty, biura oraz hale dokowe i konstrukcyjne, a także, po drugiej stronie rzeki, bazy paliwowe i składy amunicji. Bazą była także graniczna Nyrcza. W 1939 roku z części sił Flotylli utworzono Oddział Wydzielony Rzeki Wisły.