Dozorował budowę nowego flagowego transatlantyku MS „Piłsudski” i został jego kapitanem. Dowodził nim w czasie dziewiczej podróży, wskutek poważnej choroby zszedł ze statku, ale po wyleczeniu objął ponownie dowództwo.
mały|upright|Grób kapitana Mamerta Stankiewicza w Hartlepool, 2005 W lipcu 1939 roku udał się na urlop do Zakopanego, a na MS „Piłsudski” zastąpił go brat, kpt. Jan Stankiewicz. 24 sierpnia został odwołany z urlopu i otrzymał rozkaz przeprowadzenia do Wielkiej Brytanii SS „Kościuszko”. Wypłynął z Gdyni 28 sierpnia i 2 września dopłynął do Dartmouth w Wielkiej Brytanii. 24 listopada objął dowództwo na „Piłsudskim” przemianowanym na transportowiec wojenny (ORP „Piłsudski”). 25 listopada ORP „Piłsudski” wyszedł w swój pierwszy wojenny rejs w konwoju do Nowej Zelandii. 26 listopada o 5:36 na transatlantyku doszło do dwóch wybuchów. Kapitan Stankiewicz pozostał na pokładzie, aby upewnić się, czy opuściła go cała załoga. Opuścił statek z dwoma ostatnimi marynarzami (jeden ukrył się na pokładzie w szalupie i przeżył w niej katastrofę). Po półtorej godziny rozbitkowie zostali wyłowieni przez brytyjski niszczyciel . Mamert Stankiewicz zmarł wskutek hipotermii i ataku serca na pokładzie tego okrętu.