Aresztowany przez Czeka, przebywał w więzieniu w Irkucku, a następnie, do połowy maja 1921, w obozie w Krasnojarsku.

Od czerwca 1921 w Polsce, zweryfikowany w stopniu komandora podporucznika ze starszeństwem od 1 czerwca 1919 roku i przydzielony do Szkoły Morskiej w Tczewie jako kierownik Wydziału Nawigacyjnego. Jednocześnie wykładał astronomię i nawigację w Oficerskiej Szkole Marynarki Wojennej w Toruniu. Tłumaczył na język polski z angielskiego i rosyjskiego książki i podręczniki nawigacyjne. W 1923 uczestniczył w rejsie do Brazylii na pokładzie należącego do Szkoły Morskiej żaglowca „Lwów”, a w latach 1924–1926 dowodził „Lwowem” jako komendant, następnie podjął pracę na statkach handlowych i jako pilot w Urzędzie Morskim w Gdyni.

W 1927 r. został kapitanem pierwszego statku zakupionego dla polskiej marynarki handlowej, SS „Wilno” i wprowadził go do portu w Gdyni: było to pierwsze wejście do Gdyni statku handlowego pod polską banderą. Nazwa „Wilno” została zresztą zaproponowana przez Mamerta Stankiewicza. Od tego czasu powierzano mu najbardziej prestiżowe dowództwa. Gdy w 1931 powstały Gdynia–Ameryka Linie Żeglugowe SA, Mamert Stankiewicz przeszedł do niego i dowodził kolejno transatlantykami „Pułaski”, a następnie największym wówczas „Polonia”.