W sezonie 1996 szeregi Festiny wzmocnił Szwajcar Laurent Dufaux stając się „prawą ręką” Francuza w jego próbach zwycięstwa w „Wielkiej Pętli”. W tym samym roku nastąpił kres ery wielkiego Induraina, zaś Tour padł łupem duetu, lecz nie z Festiny a niemieckiego Telekomu (Duńczyk Bjarne Riis & Niemiec Jan Ullrich). Virenque jednak przynajmniej po raz pierwszy wspiął się na generalne podium TdF oraz już po raz trzeci okazał się najlepszym góralem tej imprezy. Po raz kolejny sprawdził się też w zawodach rangi mistrzowskiej zajmując piąte lokaty w wyścigach ze startu wspólnego na igrzyskach olimpijskich w Atlancie jak i mistrzostwach świata w Lugano. Swój najlepszy (z punktu widzenia rankingu UCI) sezon uświetnił zaś cztery dni po mistrzostwach zwycięstwem we włoskim semi-klasyku Giro del Piemonte.
Tour de France 1997 Sezon 1997 Virenque zaczął od mocnego uderzenia wygrywając rozgrywany pod Marsylią wyścig otwarcia sezonu we Francji GP d’Ouverture i w tym samym miesiącu (lutym) zajął też drugą lokatę w innej francuskiej jednodniówce Tour du Haut Var. Przez całą wiosnę przygotowywał się spokojnie do swego corocznego głównego celu czyli Tour de France i opłaciło się, choć wciąż jeden rywal okazał się być poza jego zasięgiem.