Najpierw zajął drugie miejsce za Mołdawianinem Andreiem Tchmilem w bretońskim semi-klasyku GP Ouest-France (Wielka Nagroda Zachodniej Francji). Pięć dni później na trudnej trasie wokół słynącego ze starożytnych zabytków Agrigento na Sycylii zdobył brązowy medal w wyścigu ze startu wspólnego podczas Mistrzostw Świata w Kolarstwie Szosowym 1994 (złoto wywalczył jego o trzy lata starszy kolega z reprezentacji i zarazem grupy Luc Leblanc).
Lider teamu Festina Po odejściu Leblanca, który „wplątał się” w fatalny kontrakt z szybko rozwiązaną grupą Le Groupment, Virenque został niekwestionowanym liderem Festiny. Podczas sezonu 1995 znów wygrał pirenejski etap (feralny odcinek piętnasty Saint Girons – Cauterets / Cretes du Lys, podczas którego zginął mistrz olimpijski z Barcelony Włoch Fabio Casartelli) oraz klasyfikację górską Tour de France, lecz w klasyfikacji generalnej tego wyścigu był „tylko” dziewiąty. Wyżej uplasował się w zdominowanej przez kolarzy ONCE z Jalabertem na czele Vuelta a Espana, którą ukończył na piątej pozycji. Natomiast dwa tygodnie po Vuelcie finiszował szósty podczas światowego czempionatu wyznaczonego po raz pierwszy w październiku i w dodatku w dalekiej, kolumbijskiej Duitamie na skrajnie trudnej, andyjskiej trasie.