Obecnie spoczywa wraz z mężem w kaplicy królewskiej przy katedrze w Grenadzie.
Potomstwo Z małżeństwa z Filipem I Pięknym Joanna doczekała się sześciorga dzieci: Eleonora Austriacka (1498–1558), najpierw królowa Portugalii, a później Francji, Karol V (1500–1558), cesarz rzymski, król Hiszpanii, Izabella Burgundzka (1501–1526), królowa Danii, Norwegii i Szwecji, Ferdynand I (1503–1564), cesarz rzymski, król Węgier i Czech, arcyksiążę Austrii, Maria Habsburg (1505–1558), królowa Węgier i Czech, namiestniczka Niderlandów, Katarzyna Habsburg (1507–1578), królowa Portugalii.
Joanna w kulturze thumb|350px|Oddanie Joanny wobec najbliższych osób uczyniło z niej symboliczną ofiarę miłości i polityki Tragizm losów Joanny dostrzeżono w okresie romantyzmu. Od połowy XIX wieku była ona bohaterką licznych dzieł literackich, teatralnych i filmowych, które mniej lub bardziej realistycznie oddają biografię królowej bez skrupułów wykorzystanej przez najbliższą rodzinę: Filip Piękny (Felipe el Hermoso, 1845) – Eusebio Asquerino i Gregorio Romero. Dramat w 4 aktach. Szaleństwo miłości (La Locura de Amor, 1855) – Manuel Tamayo y Baus. Dramat. Joanna Szalona (Juana la Loca, 1877) – Francisco Pradilla.