[dostęp 2007-01-22]..
W czerwcu 2001 sztorm tropikalny Allison sprowadził w niektóre części Houston ponad 1000 mm opadów deszczu, skutkując najtragiczniejszą powodzią w historii miasta; sztorm spowodował straty w wysokości miliardów dolarów, a także śmierć 20 osób w stanie Teksas„Allison’s Death Toll Hits 43", w: RedCross.org, 2001-06-18. [dostęp 2007-01-01].. W grudniu tego samego roku wywodząca się z Houston spółka energetyczna Enron doświadczyła trzeciego pod względem wielkości bankructwa w historii amerykańskiej. Doszło do tego po ogłoszeniu wyników śledztwa, które wykazały szereg sfabrykowanych partnerstw finansowych, które miały być wykorzystywane do zatajenia długów i zawyżania zysków firmy.
W sierpniu 2005 Houston stało się schronieniem dla ponad 150 tysięcy ludzi z Nowego Orleanu, którzy ewakuowali się z miasta w ucieczce przed huraganem Katrina„Katrina’s Human Legacy”, w: Houston Chronicle, 2006-08-27. [dostęp 2007-08-29].. Miesiąc później ewakuacji poddano natomiast obszar Houston zamieszkiwany przez około 2,5 miliona osób, gdy do wybrzeży miasta zaczął docierać huragan Rita. Ostatecznie huragan wyrządził niewielkie szkody w tym regionie, jednak sama akcja była największą miejską ewakuacją w historii Stanów Zjednoczonych, w: Voice of America News, 2005-09-25.