Do 1860 r. Houston zyskało status komercyjnego i kolejowego węzła eksportu bawełny. Lokalna sieć kolejowa łączyła miasto z portami w Galveston i Beaumont. Podczas wojny secesyjnej Houston pełniło rolę siedziby generała Johna Bankheada Magrudera, który wykorzystywał miasto jako punkt organizacji w trakcie wojny pod GalvestonCotham Edward T., Sabine Pass: The Confederacy’s Thermopylae, University of Texas Press, Atlanta 2004. .. Po zakończeniu wojny secesyjnej lokalni przedsiębiorcy podejmowali wysiłki, by poszerzyć rozległy system miejskich zlewisk w celu rozwoju transportu wodnego. W 1890 Houston zostało kolejowym centrum Teksasu.
W 1900 roku po tym, jak w Galveston uderzył niszczycielski huragan, działania mające na celu przekształcenie portu w Houston zostały przyspieszoneJ.H.W. Stele to Sayers, September 11–12, 1900”, w: Texas State Library & Archives Commission. [dostęp 2008-08-30].. Dokonane rok później odkrycie ropy naftowej na polu zapoczątkowało rozwój przemysłu naftowego w TeksasieOlien Diana, Oil in Texas: The Gusher Age, 1895–1945, University of Texas Press, Austin 2002. .. W 1902 prezydent Theodore Roosevelt zatwierdził wart miliard dolarów projekt przebudowy . Dzięki temu w 1910 populacja miasta przekroczyła 78 tysięcy mieszkańców, czyli podwoiła się w stosunku do wcześniejszej dekady.