Konstrukcja i budowa Podczas wojny secesyjnej marynarka wojenna Konfederacji nie była w stanie przeciwstawić się znacznie ją przewyższającej liczbą okrętów flocie Unii. Starała się wobec tego zniwelować jej przewagę między innymi za pomocą niewielkich, konstruowanych przez prywatnych wynalazców jednostek podwodnychNorman Friedman: U.S. Submarines through 1945, s. 13-16..
W 1863 roku, z prywatnych funduszy przedsiębiorców Horacego L. Hunleya, Jamesa McClintocka i Baxtera Watsona rozpoczęto budowę okrętu podwodnego w Składzie Artykułów Żelaznych Park and Lyons w Mobile w stanie Alabama. Po wcześniejszych nieudanych próbach budowy sprawnych okrętów „Pioneer” oraz „Pioneer II”, w tym próbach zapewnienia im napędu elektrycznego, podjęto decyzję o budowie kolejnej jednostki o napędzie mięśniowym – ręcznymPaul E. Fontenoy: Submarines: An Illustrated History of Their Impact, s. 5.. Zbudowanie tej jednostki było możliwe dzięki wsparciu organizacji konfederackich inżynierów w Mobile oraz konfederackich służb specjalnych (Confederate Secret Service) kierowanych przez Edwarda Clarka Singera. Budową okrętu kierował James McClintock wraz z por. Williamem Alexandrem. Początkowo okręt ten nazywano „Fish Boat” lub „Fish Torpedo Boat”, lecz ostatecznie nazwano go „H.L. Hunley”.