Akademia funkcjonowała przez następnych 10 lat. 26 kwietnia 1834 roku car zadecydował o przekazaniu tej części majątku Uniwersytetu Wileńskiego, która nie została przejęta przez Akademię Medyko-Chirurgiczną i Akademię Duchowną, do Uniwersytetu św. Włodzimierza w Kijowie i do Cesarskiego Uniwersytetu Charkowskiego. 20 sierpnia 1840 roku na wniosek Ministra Oświecenia Narodowego zdecydowano o przekształceniu Akademii Medyko-Chirurgicznej w wydział lekarski Uniwersytetu św. Włodzimierza w Kijowie. 31 grudnia 1841 roku car Mikołaj I podpisał ukaz o jej ostatecznym zamknięciu w dniu 1 sierpnia 1842 roku.
Wileńska Akademia Duchowna po przeniesieniu w 1842 roku do Petersburga została przekształcona w Cesarską Rzymskokatolicką Akademię Duchowną.
Uniwersytet Stefana Batorego Uczelnia została ponownie odtworzona dopiero w 1919 roku. Duże zasługi dla odnowienia Uniwersytetu miał Józef Kazimierz Ziemacki. W czerwcu 1919 powstał Komitet Wykonawczy Odbudowy Wileńskiego Uniwersytetu pod przewodnictwem J. Ziemackiego, mianowano go honorowym rektorem. Wielomiesięczne starania zakończyły się sukcesem. 11 października 1919 roku Józef Piłsudski jako Naczelny Wódz wojsk polskich podpisał Akt (13588/223) otwarcia Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie oraz wydał rozkaz zawierający statut tymczasowy Uniwersytetu Stefana Batorego.