Po roku 1620 świetność uczelni zaczęła upadać, Akademia nie cieszyła się już takim prestiżem. Również ordynaci zamojscy nie przywiązywali do niej większej wagi. W kolejnym wieku, w roku 1746, przeprowadzono tu reformę, dzięki czemu sytuacja uczelni się poprawiła, ale nie na długo. Dokonano wówczas również modernizacji gmachu Akademii, w stylu późnobarokowym.
Po pierwszym rozbiorze Polski w 1772 Zamość wraz z Akademią trafiły pod władanie austriackie. Ze względu na niski poziom nauczania i chęć wprowadzania nauczania niemieckiego (reformy józefińskie). Ostatnim rektorem uczelni był Dominik Rydulski, który zabiegał o utrzymanie uczelni u przebywającego w 1773 roku w Zamościu cesarza Józefa II. W roku 1784 działalność Akademii została zakończona. Na jej miejscu w Zamościu utworzono dwie placówki edukacyjne Gimnazjum oraz Liceum. Ta ostatnia została oddana przez cesarza pod kuratorstwo ordynata Andrzeja Zamoyskiego.