Przez siedem lat gry dla São Paulo Brazylijczyk rozegrał tam 115 ligowych pojedynków, w których siedem razy wpisał się na listę strzelców.
W 1995 roku Marcos Evangelista de Moraes został piłkarzem EC Juventude, jednak po bardzo krótkim czasie trafił do Hiszpanii, gdzie podpisał kontrakt z Realem Saragossa. Z nowym klubem uplasował się na siódmej pozycji w tabeli Primera División, sięgnął także po Puchar Zdobywców Pucharów. Przygoda Cafu z Realem Saragossa trwała jednak krótko i jeszcze w 1995 roku Brazylijczyk odszedł do SE Palmeiras. Dla nowej drużyny zdołał rozegrać 35 spotkań, po czym w 1997 roku zdecydował się na transfer do Włoch. Cafu zasilił zespół AS Roma, w barwach którego nie miał problemów ze znalezieniem sobie miejsca w wyjściowym składzie. W ekipie „Giallorossich” Brazylijczykowi został nadany przydomek „Il Pendolino”. Na pierwszy sukces na włoskich boiskach Cafu musiał czekać aż do sezonu 2000/2001, kiedy to Roma sięgnęła po trzecie w swojej historii mistrzostwo kraju. Brazylijski piłkarz zaliczył wówczas 31 występów w lidze i zdobył jednego gola. Jak się później okazało było to jedyne trofeum, po jakie Cafu sięgnął z Romą. W jej barwach zaliczył łącznie 163 występy w Serie A.