Od końca XII wieku gród był siedzibą kasztelanii kruszwickiej. Zbudowano wtedy romańską kolegiatę św. Piotra i Pawła oraz kościół grodowy św. Wita. W XII wieku powstały także kolejne kościół szpitalny pod wezwaniem św. Gotarda i miejski św. Klemensa. W tym samym czasie Kruszwica była stolicą diecezji kruszwickiej. Czasy Bolesława Krzywoustego i Bolesława Kędzierzawego były pomyślne dla Kruszwicy.
Od 1271 roku następuje upadek grodu. W tym samym roku Kruszwica zostaje spalona przez Bolesława Pobożnego. W latach 1332–1337 gród wszedł we władanie Krzyżaków. W latach 1350–1355 z rozkazu Kazimierza Wielkiego wzniesiono zamek (z „Mysią Wieżą”) – siedzibę kasztelani i starostwa. W XIV w. Kruszwica stała się siedzibą sądów: ziemskiego i grodzkiegoM. Pawlikowski, Sądownictwo grodzkie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012, tenże, Sądownictwo ziemskie w przedrozbiorowej Rzeczypospolitej, Strzałków 2012.. Władysław Jagiełło w 1422 roku nadał Kruszwicy magdeburskie prawa miejskie.