Najstarsze ślady osadnictwa pochodzą z neolitu – ok. 3900–1800 p.n.e. Na ok. 500 rok p.n.e. datuje się gród na Ostrowie Rzępowskim (obecnie Półwysep Rzępowski). Osadnictwo na tym terenie było podyktowane żyznością gleb, bogactwami naturalnymi i dogodnym położeniem geograficznym. Rozwojowi Kruszwicy sprzyjało położenie na „szlaku bursztynowym” i na szlaku z Wielkopolski na Ruś. Szlak wodny prowadzący od Warty, poprzez jezioro Gopło do Wisły był dodatkowym atutem Kruszwicy.
Kruszwica w tym czasie była niewielką osadą o charakterze otwartym. Najprawdopodobniej głównym grodem plemienia Goplan była silnie broniona osada w Mietlicy, położona ok. 20 km w kierunku południowym od Kruszwicy. W IX wieku plemię Goplan zostało włączone do państwa Polan. Dlatego w X i XI wieku Kruszwica stała się znaczącym ośrodkiem miejskim z grodem na wyspie, gdzie rezydowali polscy królowie i książęta. Bujny rozkwit zachwiało spalenie miasta przez księcia Władysława Hermana w 1096, kiedy to gród uwikłany był w konflikt, udzielając schronienia zbuntowanemu Zbigniewowi. Jednak w XII i do połowy XIII wieku nastąpiły ponowny rozwój miasta i wzrost liczby mieszkańców.