Równolegle przetrwały silnie wyodrębnione tradycje regionalne, w tym łatgalska i żmudzka.
Część języków wschodniobałtyckich wymarła w średniowieczu lub w czasach nowożytnych. Język seloński i język zemgalski zostały stopniowo wyparte przez rozwijający się język łotewski i jego dialekty. Język kuroński zanikł wskutek asymilacji Kurów przez ludność łotewską i litewską, pozostawiając jednak ślady w słownictwie oraz systemach dialektalnych obu języków.
Od XVI wieku zaczęła rozwijać się piśmienna tradycja języka litewskiego i łotewskiego. Pierwszą drukowaną książką w języku litewskim był katechizm Martynasa Mažvydasa, wydany w 1547 roku w Królewcu. W kolejnych stuleciach rozwijała się litewska literatura religijna i świecka. Podobny proces zachodził na ziemiach łotewskich, gdzie rozwój piśmiennictwa był silnie związany z reformacją i działalnością duchowieństwa protestanckiego.
W XIX wieku, w okresie litewskiego i łotewskiego odrodzenia narodowego, języki wschodniobałtyckie stały się jednym z podstawowych elementów nowoczesnych tożsamości narodowych.