II Partita d-moll mały|Początkowe takty Chaconny d-moll, rękopis mały|Motyw ostinato z Chaconny d-moll Najpopularniejsza II Partita d-moll składa się w pięciu części. Interesująca interpretacyjnie jest jednogłosowa Giga. Partita jest zbudowana jak w konwencjonalnej sekwencji allemande–sarabanda–courante–gigue, ale kończy ją monumentalna (wykonanie zajmuje około 15 minut), dramatyczna i nowatorska formalnie Ciaccona (Chaconne) d-moll, która opiera się na połączonych basach pierwszego i drugiego typu chaconne (ośmiotaktowe ostinato), w rytmie sarabandy. Jest to najdłuższa część całego cyklu.
Jej temat jest synkopowany, partie jednogłosowe przeplatają się z częściami polifonicznymi. Chaconne składa się z serii 32 (lub 64) kunsztownych wariacji w tonacji D-dur, które są oparte na stałych figurach rytmiczno-melodycznych, a dokładnie na czterotaktowej frazie o otwartym zakończeniu zbudowanej na opadającym tetrachordzie. Zgrupowane wariacje poprzez przejście do części jednogłosowej tworzą następnie dużą trzyczęściową formę, gdzie dwie sekcje molowe otaczają centralny pasaż durowy, a dyszkant z basem tworzą całość tematyczną. Główny temat ulega przekształceniu pod względem melodycznym, akordowym i polifonicznym, w tym z wykorzystaniem arpeggia i bariolage’u.