Gdy w lipcu 1936 r. zwierzchnik Kościoła Katolickiego Mariawitów arcybiskup Jan Maria Michał Kowalski został osadzony na półtora roku w więzieniu w Rawiczu dla odbycia wyroku sądowego z 1931 r., Antonina Maria Izabela Wiłucka-Kowalska sprawowała w tym czasie urząd przełożonej Kościoła. W latach 1936–1939 wznowiła i prowadziła w Felicjanowie dwutygodnik religijno-społeczny „Królestwo Boże na Ziemi”.
Arcykapłanka Kościoła Katolickiego Mariawitów Od stycznia 1940 r., po aresztowaniu arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego przez gestapo i wywiezieniu go najpierw do więzienia płockiego, a następnie do obozu w Dachau, arcykapłanka Antonina Maria Izabela Wiłucka-Kowalska przejęła i pełniła do swej śmierci obowiązki zwierzchnika Kościoła Katolickiego Mariawitów.
W marcu 1941 r., wraz ze wszystkimi mieszkańcami ośrodka kościelnego w Felicjanowie została wywieziona do obozu koncentracyjnego KL Soldau w Działdowie, a następnie do obozu w Forcie III w Pomiechówku. Po zwolnieniu z więzienia, z powodu rozproszenia zgromadzenia zakonnego arcykapłanka Antonina Maria Izabela Wiłucka-Kowalska zamieszkała w Płońsku, gdzie część sióstr zatrudniono w szpitalu.