Lata 90. Lata 90. rozpoczęły się od awansu Villarrealu do wyższej ligi. Ekipa z El Madrigal była typową drużyną środka tabeli. Jednakże w sezonie 1997/98 piłkarzom Villarreal udało się zdobyć 4. miejsce i wywalczyć awans do Primera División. W barażach o pierwszą ligę, rywalem Villarreal był zespół Sociedad Deportiva Compostela. Pierwszy mecz grano na El Madrigal. Padł wynik 0:0. W meczu rewanżowym również padł remis, jednakże 1:1 co dało awans graczom Villareal, którzy pierwszy raz awansowali do najwyższej klasy rozgrywkowej. W pierwszym meczu Villarrealu w Primera División przeciwnikiem był wielki Real Madryt. Tydzień później piłkarze zmierzyli się z Celtą Vigo na El Madrigal. Wkrótce potem drużyna Villarreal spadła do 2. ligi. W sezonie 1999/00 zajęli 3. pozycję w 2. lidze i ponownie awansowali do Primera División, gdzie grają do dziś.