Preferuje luźne gleby gliniasto-piaszczyste i żwirowe, o dużej zawartości próchnicy i składników pokarmowych, o odczynie obojętnym do zasadowego. Rośnie jednak także na glebach zwięzłych, gliniastych. Jest rośliną azotolubną, stąd może masowo występować w miejscach nawożonych lub zanieczyszczanych odpadami. Toleruje szeroki zakres warunków wilgotnościowych, od lasów w dolinach zalewanych nawet przez 4 miesiące w roku po miejsca suche, aczkolwiek źle znosi susze, zwłaszcza wiosną. Wyróżnia się możliwością wzrostu także w bardzo niskich temperaturach późną jesienią i wczesną wiosną. Toleruje też silne zacienienie.
Interakcje międzygatunkowe Czosnaczek jest zgryzany przez bydło domowe, konie i jeleniowate. Na czosnaczku żeruje w jego naturalnym zasięgu co najmniej 69 gatunków owadów. M.in. liśćmi żywią się larwy takich motyli jak: bielinek bytomkowiec, bielinek rzepnik, bielinek kapustnik, zorzynek rzeżuchowiec. Do monofagów związanych ściśle z czosnaczkiem należą chrząszcze: Ceutorhynchus scrobicollis, Ceutorhynchus alliariae i Ceutorhynchus roberti.