Jednocześnie jeszcze latem 1943 r. nawiązał kontakt z Komendantem Głównym NSZ płk. dypl. T. Kurcyuszem. 1 listopada 1943 r., uzyskawszy półroczny urlop w AK, wstąpił do Narodowych Sił Zbrojnych i został zastępcą Komendanta Głównego i szefem sztabu KG NSZ. Koncentrował się przede wszystkim na pracach koncepcyjno-organizacyjnych, problemach walki bieżącej i akcji scaleniowej z AK. 20 grudnia 1943 r. mianowano go pułkownikiem NSZ. Po scaleniu NSZ z AK był przewidziany na nowego Komendanta Głównego NSZ i zarazem pełnomocnika dowódcy AK ds. scalenia. W rezultacie 20 kwietnia 1944 r. na spotkaniu z płk. dypl. T. Kurcyuszem zrezygnował z dotychczasowych stanowisk. Ukonstytuowana w tym czasie Rada Polityczna NSZ (reprezentująca część nie scaloną z AK) wydała dwa antydatowane rozkazy sygnowane przez płk. dypl. T. Kurcyusza, które informowały o zwolnieniu ppłk. dypl./płk NSZ W. Świecińskiego i mianowaniu mjr./ppłk. NSZ Stanisława Nakoniecznikowa-Klukowskiego ps. „Kmicic” p.o. Komendanta Głównego NSZ. Od W. Świecińskiego, który przybył na posiedzenie NSZ (nie scalonego), zażądano bezwarunkowej rezygnacji ze stanowiska. Ostatecznie nowy Komendant Główny NSZ rozkazem z 6 maja 1944 r. przywrócił W.