Pory jądrowe to miejsca, w których błony otoczki jądrowej łączą się ze sobą, tworząc kanały. Zbudowane są z wielu białek zwanych wspólnie nukleoporynami. Pory mają zwykle około 125 milionów daltonów i składają się z około 50 (u drożdży) do 100 białek (u kręgowców). Średnica porów wynosi 100 nm, jednakże przestrzeń przez którą może odbywać się swobodna dyfuzja cząsteczek wynosi jedynie 9 nm. Spowodowane jest to obecnością systemu regulującego w centrum poru. Taka wielkość pozwala na swobodną dyfuzję małych, rozpuszczalnych w wodzie cząsteczek, zapobiegając jednocześnie niewłaściwemu przedostawaniu się dużych cząsteczek, takich jak kwasy nukleinowe czy duże białka na zewnątrz i do wewnątrz jądra. Duże cząstki muszą być aktywnie transportowane między jądrem a cytoplazmą. Jądro typowej komórki ssaka zawiera średnio od 3000 do 4000 porów na całej otoczce. Każdy z nich zawiera ośmiosymetryczne struktury w kształcie pierścienia w miejscu, w którym błona zewnętrzna i wewnętrzna łączą się ze sobą. Przyłączona jest do nich struktura zwana koszykiem jądrowym oraz szereg nitkowatych przedłużeń, które rozciągają się w głąb nukleoplazmy.