Trójwymiarowa struktura chromatyny jest także ściśle związana z relatywną pozycją terytoriów chromosomowych i nieobłonionych suborganelli jądrowych.
Otoczka i pory jądrowe
thumb|300px|Schemat budowy jądra komórkowego u człowieka. Otoczka jądrowa składa się z dwóch błon, zewnętrznej i wewnętrznej, oddzielonych od siebie zwykle o 20 – 40 nm, niekiedy jednak stykających się ze sobą. Otacza ona jądro i oddziela materiał genetyczny komórki od cytoplazmy, pełniąc rolę bariery, chroniącej wnętrze jądra przed swobodnym przedostawaniem się makromolekuł między nukleoplazmą a cytoplazmą. Zewnętrzna warstwa otoczki łączy się z błoną siateczki śródplazmatycznej szorstkiej i jest podobnie jak ona pokryta rybosomami. Przestrzeń pomiędzy błonami jest nazywana przestrzenią okołojądrową i łączy się z kanałem szorstkiej siateczki śródplazmatycznej.