Zmarła 21 czerwca 1910 w swojej rezydencji w Kopicach. Pochowano ją w mauzoleum rodzinnym obok miejscowego kościoła. W 1945 żołnierze Armii Czerwonej wyciągnęli stamtąd ciało jej i męża i sprofanowali. Zwłoki zostały następnie pochowane w zbiorowej mogile obok mauzoleum.
28 października 2019 dokonano ekshumacji hrabiny Joanny Schaffgotsch i jej rodziny do grobowca.
20 czerwca 2020 roku odbył się ponowny pochówek Joanny i jej męża w odrestaurowanym kopickim mauzoleum.
Posiadłości Schaffgotschów thumb|Pałac w Bytomiu-Szombierkach (zdjęcie archiwalne) Główną posiadłością Joanny i Hansa Ulricha był pałac w Kopicach otoczony 54-hektarowym parkiem. Schaffgotschowie posiadali również zamek w Chudowie (traktowany jako miejsce do wypoczynku) oraz pałac w Bytomiu-Szombierkach, wybudowany przez Karola Godulę, a odziedziczony przez Joannę.