Do klasztoru mogły być przyjmowane tylko córki szlacheckie.
Nadto ostatni 27 paragraf reguły, mówiący o zwierzchnictwu przełożonej generalnej w Braniewie nad wszystkimi domami katarzynek w diecezji warmińskiej zastąpiono zapisem o zwierzchności biskupa żmudzkiego.
W okresie rozbiorów Polski dom macierzysty w Braniewie i klasztor w Krokach znalazły się pod panowaniem różnych zaborców – Braniewo pod zwierzchnictwem Prus od 1772, a Kroki w wyniku trzeciego rozbioru w 1795 roku znalazły się w zaborze rosyjskim. Doprowadziło to do zerwania kontaktów klasztoru z domem macierzystym w Braniewie aż do końca pierwszej wojny światowej.
Po I wojnie światowej klasztor w Krokach znalazł się w granicach Republiki Litewskiej. Katarzynki w Krokach musiały się dostosować do zmienionej sytuacji politycznej. Język polski obecny od początku w klasztorze stawał się źródłem konfliktów i napięć na tle narodowo-patriotycznym. Siostrom zakazano pracy w szkołach i przedszkolach, a także kształcenia dzieci. Aby nie potęgować nacjonalistycznych antagonizmów, katarzynki przekierowały swoją posługę na inne tory. Bardziej poświęcały się działalności dobroczynnej oraz zajmowały się opieką nad osobami chorymi i niepełnosprawnymi, gdzie kwestie języka nie były aż tak dzielące.