W latach 1937–1938 dowodził 4 Grupą Lotniczą, a następnie w latach 1938–1939 dowodził brytyjskimi siłami powietrznymi w Mandacie Palestyny i Emiracie Transjordanii.
II wojna światowa Po wybuchu II wojny światowej, we wrześniu 1939 Harris powrócił do Anglii i objął dowództwo nad bombową 5 Grupą RAF. W listopadzie 1940 został Zastępcą Szefa Sztabu RAF, a następnie w 1941 otrzymał awans na generała lotnictwa (Air Marshal). W lutym 1942 objął dowództwo nad RAF Bomber Command. W owym czasie brytyjskie siły powietrzne dysponowały średnimi bombowcami Handley Page Hampden, Vickers Wellington i Armstrong Whitworth Whitley, oraz lekkimi bombowcami Fairey Battle. Ich liczba była jednak niewystarczająca, a załogi nie posiadały wystarczającego doświadczenia i umiejętności, aby było możliwe podjęcie ofensywy bombardowań III Rzeszy. Brytyjskie samoloty bombowe nie były w stanie samodzielnie pokonać długiego dystansu do Niemiec, podejść nad silnie bronione cele, precyzyjnie zrzucić bomby i wrócić na macierzyste lotniska. Harris natychmiast przystąpił do opracowywania nowych strategii, które oparł na doświadczeniach niemieckich bombardowań z hiszpańskiej wojny domowej i początku II wojny światowej.