W 1981 przeszedł do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych na stanowisko ministra (ponownie powołany 14 października 1988.). Był bliskim współpracownikiem gen. Wojciecha Jaruzelskiego. Członek Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego, brał udział w organizowaniu stanu wojennego w latach 1981–1983. Jego opinia zadecydowała o zwolnieniu Lecha Wałęsy z internowania i ponownym zatrudnieniu go w Stoczni GdańskiejKazimierz Barcikowski, U szczytów władzy, Wydawnictwo Projekt, Warszawa 1998, , s. 363.. Był organizatorem mataczenia w śledztwie dotyczącym śmierci Grzegorza Przemyka. 6 listopada 1984 osobiście poinformował Sejm o śledztwie w związku ze śmiercią księdza Jerzego Popiełuszki. Według gen. Władysława Pożogi był inicjatorem akcji „Hiacynt” w 1985, wymierzonej w środowisko homoseksualistów (zarejestrowano ok. 11 000 osób)Henryk Piecuch, Wojciech Jaruzelski tego nigdy nie powie (rozmowa z gen. Władysławem Pożogą), Warszawa 1992, s. 239–246..