Od 1951 był szefem Wydziału Informacji 18 Dywizji Piechoty w Ełku. W czasie czystek w wojsku kpt. Czesław Kiszczak złożył Szefowi GZI MON raport obciążający m.in. Wacława Komara, Stanisława Flatę i Józefa Kuropieskę. W 1953 został zwolniony z kontrwywiadu wojskowego i skierowany do Departamentu Kadr Ministerstwa Obrony Narodowej z wnioskiem o zwolnienie do rezerwy. Dzięki pułkownikowi Jerzemu Dobrowolskiemu trafił w 1954 do jednego z wydziałów w Departamencie Finansów MON. W 1957 rozpoczął służbę wojskową w następcy GZI MON – Wojskowej Służbie Wewnętrznej. W strukturze tej służby do 1965 był szefem zarządu WSW Marynarki Wojennej, a później Szefem Zarządu WSW Śląskiego Okręgu Wojskowego. W 1967 został Zastępcą Szefa WSW gen. Teodora Kufla. Ukończył kurs operacyjno-strategiczny w Akademii Sztabu Generalnego Sił Zbrojnych Związku Radzieckiego. W 1968 odznaczony Orderem Wojny Ojczyźnianej I stopnia. Od stycznia 1973 był szefem Zarządu II Sztabu Generalnego Wojska Polskiego (instytucja prowadząca wywiad wojskowy). W 1978 mianowany zastępcą szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. Od 1979 szef Wojskowej Służby Wewnętrznej.