W latach 1939–1944 prowadził zajęcia z etnografii Polski, etnologii ogólnej i muzeologii w ramach tajnego nauczania, a od 1 listopada 1944 do 30 marca 1945 r. pracował jako nauczyciel geografii i arytmetyki w Szkole Rolniczej w Koszarach.
Był dwukrotnie żonaty: z Martą z domu Rzewuską oraz Marią z Karbowskich.
Zmarł po roku ciężkiej choroby spowodowanej uszkodzeniem kręgosłupa. Został pochowany 13 lutego 1962 roku na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie.
Działalność naukowa Frankowski prowadził szerokie badania etnograficzne i antropologiczne w Polsce i w Europie. Ich początek sięga okresu studiów na Uniwersytecie Jagiellońskim, kiedy pod kierunkiem Juliana Talko-Hryncewicza uczestniczył w badaniach antropologicznych na obszarze polskiej góralszczyzny w miesiącach letnich 1910-1913. W roku 1911, jako dyplomowany antropolog podjął samodzielne badania antropologiczno - etnograficzne na Polesiu Wołyńskim (miesiące jesienne lat 1911-1913). W 1912 roku rozpoczął stacjonarne badania etnograficzne w Kotlinie Sądeckiej (miesiące jesienne lat 1912-1914).
W latach 1914–1920 prowadził badania terenowe na całym obszarze Półwyspu Iberyjskiego.