Bąk mały zwykle zaliczany był do rodzaju Ixobrychus, jednak analizy oparte na danych filogenetycznych wskazują, że takson ten powinien być umieszczany w rodzaju Botaurus lub ewentualnie we własnym monotypowym rodzaju. Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (IOC) wyróżnia 6 podgatunków, podobnie jak AviList (2025), Clements Checklist of Birds of the World (2025) oraz lista ptaków świata opracowywana we współpracy BirdLife International z autorami Handbook of the Birds of the World (HBW) (10. wersja online: październik 2025). Wcześniej (1992) autorzy HBW uznawali ich 5. Wymieniane przez IOC podgatunki to: B. e. exilis (J.F. Gmelin, 1789) – bąk mały – podgatunek nominatywny; obejmuje między innymi B. e. hesperis (Dickey & van Rossem, 1924) – wyróżniany był na przykład w Manual of Neotropical Birds (1977), chociaż jego odrębność jest wątpliwa; B. e. pullus (van Rossem, 1930) B. e. erythromelas (Vieillot, 1817) – bąk barwny B. e. limoncochae (D.W. Norton, 1965) B. e. bogotensis (Chapman, 1914) B. e. peruvianus (J. Bond, 1955)