Najbardziej zmodyfikowano wieżę. Wyposażono ją w amortyzowane siedzenie z trzypunktowymi pasami bezpieczeństwa. Karabin maszynowy SGMT zastąpiono nowoczesnym PKT. Z lewej strony wieży zamocowano celownik obserwacyjny TPN-350. Poprawiono także rozmieszczenie skrzynek amunicyjnych i zmodernizowano oświetlenie wnętrza wieży. Wozy zmodernizowane do tej wersji otrzymały oznaczenie OT-90M1.
W 1993 roku powstał prototyp kolejnej modyfikacji OT-90. Ośrodku badawczy PV-010 w Wyszkovie ponownie zmodyfikowano podwozie, zakłady w Slaviczynie zmodyfikowały wyposażenie wieży, a zakłady w Sztemberku zmodyfikowały stanowisko strzelca i wyposażenie elektryczne wieży (w sposób analogiczny jak w wersji OT-90M1). Zmodernizowany wariant otrzymał oznaczenie OT-90M2 i po testach w 1994 postanowiono do niego przebudować wszystkie OT-90. Do modernizacji wykorzystano niektóre elementy zdemontowanych wież BMP-1. Okazało się, że nie zostały one zezłomowane, ale zmagazynowano je "dla potrzeb fortyfikacyjnych". Z wież BMP-1 wykorzystano między innymi obrotową podłogę z centralnym stykiem elektrycznym, elektrospusty i instalację elektryczną.