Krótki czas projektowania spowodował, że nowa konstrukcja nie została dostatecznie przetestowana. Już po krótkim okresie eksploatacji do dowództwa CzAL zaczęły napływać krytyczne opinie dotyczące nowego transportera. Wskutek zmiany wyważenia (nowa wieża była lżejsza) pogorszyły się własności trakcyjne oraz pogorszyła pływalność. Siedzenie strzelca uniemożliwiało szybkie zajmowanie stanowiska przez strzelca (przestrzeń wewnątrz BMP-1 jest mniejsza niż w transporterach kołowych), brak mechanizmu odsysania gazów prochowych utrudniał użycie broni. Uznano także że celownik PP-61 nie daje strzelcowi możliwości obserwacji pola walki. Przestarzały też był km SGMT, a mogący strzelać wyłącznie seriami KPWT miał niską celność. Wykryto także kilka innych drobnych wad utrudniających eksploatację transportera (np. zawodne zasilanie wieży).
W 1992 roku w wojskowym zakładzie remontowym w Sztemberku przebudowano jeden z OT-90. Właściwości trakcyjne poprawiono wyposażając drugą parę wahaczy kół nośnych w amortyzatory hydrauliczne (wcześniej amortyzatory mocowano tylko przy pierwszej i ostatniej parze wahaczy). Po testach regulaminowo zakazano pokonywania przeszkód wodnych bez obciążenia tylnej części pojazdu (desant lub balast).