Ołtarz został wykonany w 1604 roku. W centrum ołtarza znajduje się XVI-wieczny obraz Zdjęcie z krzyża, z kręgu Michała Anioła. Jest on jednym z trzech takich obrazów na świecie. Nad obrazem znajduje się scena przedstawiająca Zaśnięcie Matki Boskiej, wykonana przez syna Wita Stwosza – Stanisława Stwosza. Najwyżej znajduje się scena koronacji Matki Boskiej, a nad nią rzeźba św. Michała Archanioła. Po lewej znajduje się XVII-wieczny ołtarzyk Niepokalanego Poczęcia, nazywany często drzewem genealogicznym Najświętszej Maryi Panny.

Po obu stronach prezbiterium znajdują się późnorenesansowe, bogato rzeźbione stalle. Po lewej stronie znajduje się Oratorium Świętej Jadwigi, gdzie według legend często się modliła. Od 2006 roku po lewej stronie od Oratorium znajduje się relikwiarz z relikwiami św. Jadwigi.

W prezbiterium świątyni, przede wszystkim na jego sklepieniu zlokalizowane są malowidła Włodzimierza TetmajeraKs. Józef Andrzej Nowobilski, Sakralne malarstwo ścienne Włodzimierza Tetmajera, Fundacja im. Włodzimierza Tetmajera, Wydawnictwo Czuwajmy, Kraków 1994, s. 59-69.