Wnętrze Prezbiterium Najstarszą częścią kościoła jest prezbiterium, ukończone około 1480 r. (na belce tęczowej widoczna data „1482”). Według rejestru zabytków Królestwa Polskiego budowę tej najstarszej części kościoła rozpoczęto już w 1326 r. Szerokie (szersze niż główna nawa), złożone z czterech wąskich przęseł prezbiterium zamknięte jest od wschodu trzema bokami ośmioboku i nakryte ceglanym, ostrołukowym sklepieniem kolebkowym z lunetami, ozdobionym niezwykle bogatą siecią żeber. W przęsłach sklepienia zachowały się dwa czterolistne zworniki z herbami (na jednym herb Biecza, na drugim herb Odrowąż). Na czterech wspornikach żeber ozdobne tarcze; na dwóch z nich widoczne również herby Biecza i Odrowążów, na jednej z dwóch pozostałych nieznany znak - być może gmerk budowniczego.
Przy wejściu do prezbiterium znajduje się XV-wieczna tęcza przedstawiająca scenę ukrzyżowania Jezusa Chrystusa. Po bokach znajdują się stalle z XVII w. Przy samym ołtarzu znajduje się pulpit muzyczny z 1633 roku, będący jedynym takim zabytkiem w Polsce oraz Europie.