Między 1511 a 1518 rokiem być może pracował naprzemiennie jako agent polityczny na rzecz cesarza i papieża.
W 1519/20 roku pracował jako mówca miejski i specjalista finansowy na rzecz miasta Metz. Następnie przebywał w Kolonii, a od 1521 roku praktykował jako lekarz we Fryburgu. Od 1524 roku był osobistym lekarzem Ludwiki Sabaudzkiej (1476–1531), lecz szybko został uznany za intryganta i zwolniony z dworu za relacje z księciem Bourbonem, który zdradził koronę francuską. Wkrótce Agrippa popadł w problemy finansowe, lecz udało mu się objąć praktykę lekarską w Antwerpii. Następnie pracował jako cesarski historiograf na dworze Małgorzaty Habsburg (1480–1530). Poświęcił się również publikowaniu swoich pism, m.in. wydał De occulta filozofia i De vanitate. Został zwolniony z dworu za pracę w tajemnicy dla Henryka VIII (1491–1547) i wobec oskarżeń o herezję wysuwanych przez teologów z Leuven, Paryża i Kolonii. Wkrótce trafił do więzienia za długi, skąd uciekł do Kolonii, gdzie schronienia udzielił mu arcybiskup Hermann von Wied (1477–1552).
Niewiele wiadomo o ostatnich latach życia Agrippy. Prawdopododbnie przebywał w Bonn do 1535 roku. Podczas pobytu w Lyonie został aresztowany i był poddany torturom.