Jean Catilinet, przełożony franciszkanów w Burgundii, potępił Agryppę jako „judaizującego heretyka”, przez co Agryppa musiał zakończyć karierę wykładowcy.
Agrippa wrócił do Niemiec i udał się do opactwa św. Jakuba w Würzburgu, gdzie spotkał Jana Tritemiusza (1462–1516), opata klasztoru w Sponheim, z którym prowadził dyskuje na temat magii naturalnej i jej roli w kulturze. W 1510 roku Agrippa napisał Occulta philosophia, podręcznik białej magii z opisami cudownych właściwości m.in. kamieni, ziół, metali i liczb. Dzieło, dedykowane Tritemiuszowi, krążyło najpierw w formie rękopisu a drukiem zostało wydane w 1531 roku.
W 1510 roku, prawdopodobnie na rozkaz cesarza Maksymiliana, Agrippa znalazł się w Anglii, gdzie poznał Johna Coleta (1467–1519), który studiował pisma św. Pawła. W tym czasie Agrippa napisał Commentariola – komentarz do Listu do Rzymian, który pozostaje jednak nieznany. Odpowiedział wówczas również na oskarżenia Catilineta w formie polemiki Expostulatio super Expositione sua in librum De verbo mirifico cum Joanne Catilineti.
W 1511 roku Agrippa wyjechał do Italii, służąc cesarzowi Maksymilianowi, i jednocześnie prowadząc wykłady na uniwersytecie w Pawii.