pochodzi główna część prospektu organowego oraz manierystyczna ambona (1605 rok). thumb|upright|Sarkofag królewny Anny Wazówny w mauzoleum W 1636 roku w mauzoleum wzniesionym przy drugim od wschodu przęśle prezbiterium, od strony północnej, pochowano królewnę szwedzką Annę Wazównę, siostrę króla Polski Zygmunta III Wazy, która zmarła w 1625 roku w Brodnicy, ale z powodu zakazu odprawiania tam nabożeństw luterańskich nie mogła być pochowana w tym mieście. Barokowe mauzoleum wykonane w czarnym marmurze i białym alabastrze ma formę półkolistej kaplicy, do której prowadzi portal.
Pozostałe wyposażenie pochodzi w zasadzie z okresu, gdy kościół należał do bernardynów. Są to późnobarokowe ołtarze przy filarach nawy głównej (w tym obeliskowe, wzorowane na ołtarzach w kościele jezuitów w Grudziądzu) oraz siedmiokolumnowy, monumentalny ołtarz główny o symbolice maryjnej z 1731 roku dzieła Jana Guhra i Chrystiana Kynasta. Warto wymienić również drewniany łuk tęczowy z lat 1728–1729.
Na przełomie XIX i XX w. (lata 1898–1916) powstały neogotyckie witraże wykonane przez firmę Binsfelda i Jansena z Trewiru.
Organy