Ważnym elementem wystroju wnętrza są malowidła ścienne. W nawie południowej są to wysokiej klasy malowidła z ok. 1380-1390 przedstawiające świętych, Chrystusa Bolesnego i Marię Bolesną pod architektonicznymi baldachimami, w których widoczne są wpływy malarstwa czeskiego. Polichromie te należą do wybitnych osiągnięć średniowiecznego malarstwa na ziemiach polskich. Na ścianie północnej nawy głównej znajdują się malowidła Sceny z życia św. Franciszka (również: Kazanie do ptaków) oraz nie mająca tytułu scena z łodzią (z 2. ćw. XV wieku).
Z okresu protestanckiego pochodzą renesansowe, manierystyczne i wczesnobarokowe elementy wyposażenia. Należą do nich przede wszystkim liczne wysokiej klasy artystycznej epitafia mieszczan, w tym najcenniejsze – epitafium rodziny Neisserów z 1594 roku, z obrazem malarza Fabiana, przedstawiającą chrzest Chrystusa na tle panoramy Torunia, poza tym epitafia Mochingerów, rodziny von den Linde (sprzed 1586), Strobandów (1590 roku, zapewne wykonane przez Willema van den Blocke), Stadtländerów (1683 rok), Anny z Leszczyńskich Potockiej (1653 rok), Wolfa Pistorisa. W Muzeum Okręgowym w Toruniu przechowywane są ponadto pochodzące z tego kościoła epitafia burmistrza Torunia Henryka Strobanda i ławnika staromiejskiego Edwarda Roggena. Z początku XVII w.