W konsekwencji na jego miejsce został wyznaczony Bean. 10 kwietnia 1969 – po zakończonym w marcu 1969 locie Apollo 9 Beanowi powierzono obowiązki pilota modułu księżycowego podczas planowanej na jesień, drugiej załogowej misji na Księżyc. 14–24 listopada 1969 – wziął udział w misji Apollo 12. 19 listopada stanął na powierzchni Księżyca. styczeń 1972 – został włączony w charakterze dowódcy do załogi podstawowej drugiej wyprawy na stację kosmiczną Skylab (Skylab 3). 28 lipca – 28 września 1973 – dowodził misją Skylab 3. 9 lutego 1973 – został dowódcą rezerwowej załogi statku Apollo-ASTP (wraz z nim w skład załogi weszli: Ronald Evans i Jack Lousma) przewidzianej do wspólnego amerykańsko-radzieckiego lotu statków kosmicznych Apollo i Sojuz. Misja ta została zrealizowana w lipcu 1975. październik 1975 – opuścił szeregi Marynarki Wojennej, ale pozostał czynnym astronautą. maj 1978 – 26 lutego 1981 – był szefem Korpusu Astronautów NASA. Miał szansę być dowódcą załogi wahadłowca podczas pierwszej misji z laboratorium naukowym Spacelab. Jednakże z powodu opóźnień programu trzeci raz w kosmos już nie poleciał. czerwiec 1981 – opuścił Korpus Astronautów NASA.