Konwersja na protestantyzm była kontrowersyjna w tych konserwatywnych pod względem religijnym krajach; tak było w przypadku rodziny muzułmańskiej, która po przyjęciu nowej wiary znalazła schronienie na Malcie i gościła w college'u, gdzie również otrzymała wykształcenie.
Kolegium zamknięto w 1865.
St. Ignatius College thumb|left|Okna ostrołukowe, wzór neogotycki
26 marca 1872 powiernicy sprzedali majątek dr Pasquale Mifsudowi (1833–1895), późniejszemu sędziemu, oraz Carlo Marii Muscatowi, kupcowi i członkowi Council of Government (Rady Rządowej), za kwotę 2200 funtów.
Nowi właściciele zaprosili Towarzystwo Jezusowe do otwarcia w budynku rzymskokatolickiego college'u. The Colonial Office (Urząd Kolonialny) zatwierdził to w 1877, a jezuici przedłużyli budynek i dobudowali skrzydło. Pierwszym rektorem, w latach 1877–78, był John Morris. W 1881 w sąsiedztwie willi zbudowany został kościół pod wezwaniem św. Ignacego Loyoli. St. Ignatius' College stał się jedną z wiodących szkół na Malcie, a w ciągu kilku lat po otwarciu stał się szkołą z internatem. W samej willi oraz na terenie do niej przylegającym znajdował się refektarz, akademiki, gimnazjum, sale do nauki, laboratoria i obiekty sportowe. Od 1883 do 1906 kolegiom było wykorzystywane jako centrum meteorologiczne dla Wysp Maltańskich.